El microscopio electrónico de la transmisión tiene tres sistemas esenciales: (1) un arma de electrón, que produce el haz electrónico, y el sistema del condensador, que enfoca la viga sobre el objeto, (2) el sistema imagen-que produce, consistiendo en la lente objetiva, la etapa movible del espécimen, y las lentes del intermedio y del proyector, que enfocan los electrones que pasan a través del espécimen
Los microscopios electrónicos en el AMCL están disponibles para los investigadores para proporcionar imágenes y microanálisis de alta resolución. Los microscopios electrónicos convencionales de la exploración (SEM) pueden proporcionar proyección de imagen a las ampliaciones de 50,000X o más, y la emisión SEM del campo pueden proporcionar imágenes hasta 500,000X. El FEGSEM también se equipa de un sistema backscatter del patrón del electrón para proporcionar la información cristalográfica también. El microscopio electrónico de la transmisión (TEM) puede proporcionar imágenes hasta 550,000x de muestras especialmente preparadas, ultrafinas, y también proporciona patrones de difracción del electrón de las áreas tan pequeñas como 25nm.
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