Il microscopio elettronico della trasmissione ha tre sistemi essenziali: (1) una pistola di elettrone, che produce il fascio elettronico ed il sistema del condensatore, che mette a fuoco il fascio sull'oggetto, (2) il sistema immagine-producente, consistente dell'obiettivo obiettivo, della fase mobile dell'esemplare e degli obiettivi del proiettore e dell'intermediario, che mettono a fuoco gli elettroni che passano attraverso l'esemplare
I microscopi elettronici nel AMCL sono a disposizione ai ricercatori per fornire le immagini e la microanalisi ad alta definizione. I microscopi elettronici convenzionali di esame (SEM) possono fornire la formazione immagine agli ingrandimenti di 50,000X o di più e l'emissione SEM del campo possono fornire le immagini fino a 500,000X. Il FEGSEM inoltre è dotato di un sistema backscatter del modello dell'elettrone per fornire le informazioni cristallografiche anche. Il microscopio elettronico della trasmissione (TEM) può fornire le immagini fino a 550,000x dai campioni specialmente preparati e ultrasottili ed inoltre fornisce i modelli di diffrazione dell'elettrone dalle zone piccole quanto 25nm.
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